Hasta 1943, Zárate careció de establecimiento público de educación secundaria. Los pocos que existían eran privados, frustrando así las posibilidades de muchos jóvenes con aspiración de educarse. La sociedad zarateña se hizo cargo de esta carencia y nació el proyecto de creación del Colegio Nacional de Zárate.
Se formó una comisión pro-creación, hubo reuniones multitudinarias clamando por este proyecto, costó un tiempo hasta que el diputado nacional José María Guerci con mucho énfasis, logró que el Gobierno nacional firmara el decreto de creación. Pero ¿Donde funcionaría?. De las propuestas licitadas, salió favorecido el edificio de Belgrano 758, donde funcionó la confitería El Progreso, propiedad del escribano Miguel de la Torre, quien donó los 2 primeros meses de alquiler. Como se necesitaba equiparlo, los cursos se iniciaron el 21 de mayo de 1943 en la Escuela Nro. 10. Se designó el plantel docente, auxiliar y administrativo y al Dr. Edmundo Guido, como Rector. Y pasaron los años, mientras la ciudad crecía en sus inquietudes culturales y en efervescencia política y social. En 1948 se creó la Sección Comercial, egresando los peritos mercantiles. Y a finales de las décadas del 50, del 60 y de los 70 se abrieron paso nuevos desafíos y la institución amplió su oferta educativa: El 23 de junio de 1959 se creó la sección Magisterio, el 7 de abril de 1965 se creó el Departamento de Aplicación, escuela primaria de excelencia donde hacían sus prácticas docentes los alumnos del Magisterio del propio Colegio. Su primera sede fue la casona de la familia Trasancos calle 25 de Mayo 629, popularmente llamada El Castillo, donde funcionarían también cursos del bachillerato. Dos años después, en 1967 se creó la sección Jardín de Infantes. En 1971 abrió sus puertas el Profesorado para el Nivel Primario y dos años después, el Bachillerato nocturno para Adultos.
En medio de su auspicioso crecimiento que respondía a las demandas educativas de una población en crecimiento con amplias aspiraciones, el Colegio cumplió sus Bodas de Plata en 1968 cuyo festejo tuvo gran repercusión.
Pasaron los años y el Colegio vivió épocas de expansión y prestigio, en un clima de libertad donde estudiaban tanto los hijos de los obreros como de los profesionales, haciendo realidad la gran posibilidad del ascenso social. Pero carecía de edificio propio, funcionaba en dos establecimientos y se hacía necesario la construcción del propio colegio. Nuevamente el vecindario y sus instituciones se movilizaron. Esta vez para adquirir un terreno y luego de lograrlo proyectando la construcción del edificio. En un nuevo clima de democracia y estado de derecho, el 10 de diciembre de 1985, se inauguró el actual edificio del Colegio Nacional en Teodoro Fels 880 sobre proyecto y dirección del arquitecto Gustavo Gemini.
En 1993, se produjo por Ley Federal de Educación la transferencia educativa de Nación a la provincia. El Colegio Nacional desapareció como denominación y se creó la Unidad Académica que nuclea al Jardín de Infantes 919, a la Escuela Primaria 37, la Escuela Media 4 y el Instituto Superior de Formación Docente 120.La celebración de las Bodas de Oro fueron las últimas en realizarse como Colegio Nacional. En el marco de ese festejo se impuso el nombre de Dr. José María Guerci a la nueva Unidad Académica y más tarde el nombre de Pepe Caivano, el recordado y querido primer portero del Nacional, a la cantina
En el año 2018, nuevamente estuvo de celebración de sus 75 años de trayectoria y lo festejó a lo grande reuniendo a las distintas promociones en una gran cena-show organizada por una comisión de ex alumnas como un gran festejo del Reencuentro que se realizó en la sede del Centro Entrerriano de Zárate.
Hoy cumple 80 años, y la mística sigue intacta para quienes pasaron por sus aulas, fueron sus docentes, preceptores, personal administrativo y autoridades.
